1、种属不同。虹鳟鱼是鲑形目鲑亚目鲑亚科太平洋鲑属虹鳟鱼种，属于淡水鱼的一种，通常是活在北美、太平洋西岸、黑龙江等地。而三文鱼是鲑形目鲑科鲑属鲑鱼种的一类海鱼，通常生活在大西洋、太平洋，日本也有少量产出。

2、营养成分不同。三文鱼是一类海鱼，而虹鳟鱼是淡水鱼的一种，两者的主要成分都是水分、蛋白质、脂肪、矿物质和维生素等，但是海鱼中的不饱和脂肪酸要高于淡水鱼，因此三文鱼的营养价值高于虹鳟鱼。

3、食用方式不同。虹鳟鱼的通常烹饪方式有炖食、煮粥食用、煎煮食用等。而三文鱼的食用方式有生吃、做寿司、炖粥食用等。