1、目的不同

民族区域自治是为解决民族问题而实行的区域自治与民族自治相结合的制度；特别行政区自治是为解决历史遗留问题，完成祖国统一大业而在一国两制方针指导下赋予特别行政区享有高度自治权的制度。

2、适用区域不同

民族区域自治的适用区域是民族自治地方；特别行政区自治的适用区域是港、澳等地区。

3、自治程度不同

特别行政区的自治程度要高于民族区域自治。

区域自治的简介

区域自治即民族区域自治制度，是在统一的祖国大家庭里，在国家的统一领导下，以少数民族聚居的地区为基础，建立相应的自治机关，行使自治权，自主地管理本民族、本地区的内部事务，行使当家做主的权利。