1、主要化学成分不同

玄武岩的主要成份是二氧化硅、三氧化二铝、氧化铁、氧化钙、氧化镁，其中二氧化硅含量最多，约占百分之四十五至五十左右；而石灰岩的主要化学成分是碳酸钙。

2、形成过程不同

玄武岩是由火山喷发出的岩浆冷却后凝固而成的一种致密状或泡沫状结构的岩石；而石灰岩湖海中所沉积的碳酸钙，在失去水分以后，紧压胶结起来而形成的岩石。

3、用途不同

玄武岩是修理公路、铁路、机场跑道所用石料中最好的材料，并被国际认可，是发展铁路运输及公路运输最好的基石；而石灰岩主要用于建筑工业中用来生产水泥和烧制石灰；冶金工业用作熔剂；化学工业中用来制碱、漂白粉及肥料等；食品工业中用作澄清剂。