1、用途不同。酒曲自古以来就有把它和麦芽同时作为原料糖，用来制造酒、甜酒和豆酱等。而酵母是一种天然发酵剂，酵母自溶物可作为肉类、汤类、蔬菜及调味料的添加剂。

2、分类不同。现代大致将酒曲分为五大类，分别用于不同的酒。它们是麦曲，小曲，红曲，大曲，麸曲。而目前已知有1000多种酵母，根据酵母菌产生孢子的能力，可将酵母分成三类。

3、菌种不同。酒曲用的是曲霉。在经过强烈蒸煮的白米中，移入曲霉的分生孢子，然后保温，米粒上便会茂盛地生长出菌丝，即酒曲。而酵母里的菌种就是酵母，它是一种单细胞真菌，并非系统演化分类的单元。