宣政院是元朝掌管全国佛教事宜和藏族地区军政事务的中央机关；而宣慰司是介于省与州之间的一种偏重于军事的监司机构，一般掌管军民之事，是地方机构。

宣政院介绍

宣政院初名总制院，是元朝统治中国时期设立的一个直属中央政府管辖的国家机构。

1264年，元世祖忽必烈下诏设立总制院。到了1288年，尚书省右丞相兼总制院使桑哥，认为总制院责任重大，故向忽必烈奏请，根据中国唐朝时期在宣政殿接待吐蕃使臣之例，而更名为宣政院。从此，西藏地区正式成为我国中央政府直接管辖的一个地方行政区域。